Vợ ông là Phó Giáo sư, Tiến sĩ, Nhà giáo ưu tú Trương Thị Hiền,  Chủ tịch Hội Nữ trí thức TP.HCM, nguyên Giám đốc Học viện Cán bộ TP. HCM, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân Quận 2.[10] Trương Thị Hiền là em út của bà Trương Mỹ Hoa, nguyên Phó Chủ tịch nước Việt Nam.[11][12]

Con trai đầu là Lê Trương Hải Hiếu (sinh 1981) - Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ TP Hồ Chí Minh, Phó Bí thư Quận uỷ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân Quận 12, Đại biểu Hội đồng nhân dân Thành phố khóa VIII nhiệm kỳ 2011-2016.[13] bị kỷ luật khiển trách tại hội nghị Thành ủy TP.HCM ngày 17/4/2018 vì "có quan hệ tình cảm với một phụ nữ và có con chung nhưng chậm báo cáo với tổ chức".[14]

Con trai thứ là Lê Trương Hiền Hòa - Hiện là một doanh nhân, Giám đốc một công ty kinh doanh bất động sản

Em của ông là Lê Tấn Hùng, nguyên là Bí thư đảng ủy, Tổng giám đốc Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn. Trong tháng 3 năm 2018, bị kỷ luật khiển trách vì liên quan hàng loạt sai phạm ở Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn (Sagri). Sai phạm của ông Hùng liên quan việc ký khống, chi khống hơn 13 tỉ đồng cho hàng chục cán bộ, người lao động học tập nước ngoài.[14] Ngày 12.6.2019, ông Hùng bị đình chỉ công tác tổng giám đốc, đến ngày 6/7/2019 ông bị cơ quan điều tra khởi tố và bắt tạm giam do phạm nhiều sai phạm đặc biệt nghiêm trọng trong thời gian đảm nhiệm chức vụ Tổng giám đốc tập đoàn Sagri.[15]

Hiện nay, ông cư trú tại 48A đường Trương Định, Phường 7 Quận 3, TP.HCM.